重庆谍战，根据历史事件，讲述了抗日战争期间，国民党政府邀请美国密码学家哈德利加入自己的阵营，建立了一个“黑房”密码基地，以破译日本密码。1937年，抗日战争全面爆发，南京失守，国民党政府迁都重庆。然而，日本空军多次轰炸重庆，造成众多中国士兵和平民伤亡。重庆政府决定成立中国密码情报机构。特工秦奥被派往武汉抢劫美国专家亚德里，他被称为“密码之父”。在武汉，秦傲终于见到了他失散多年的未婚妻胡玉文，胡玉文已成为武汉地下党员路雅的妻子。秦傲的出现打破了她两年的平静生活。亚德里拒绝在重庆服役。武汉的日军也派人暗杀了亚德里。这时，路雅，一个地下党员，被他的上级要求去协助重庆的秦奥，并派亚德里去重庆。在这次任务中，路雅发现他的妻子虞雯实际上是一名国民党特工。但是，路雅仍然坚持大局为重，把秦傲和虞雯从险境中解救出来，把亚德·李带到了重庆黑房。这个技术组织是在国共合作的背景下建立的。路雅、秦傲、虞雯、李亚德等人都加入了黑屋子。黑房人团结一致，在破译日本情报方面取得了许多成功。但是平静的日子总是很短暂。一天，yadli偷了黑房用来举行军事会议的顶级3a密码本。在黑屋子的大老板唐大明的安排下，路雅奉命带人去追捕“叛徒”亚德里。但事实上，这是唐大明的“钓鱼行动”，以找出长期隐藏在黑屋子里的内奸“独臂强盗”。的同事李、等人被日本人打死，独自逃走了。由于只有路雅幸存下来，他被黑屋子认定为“独臂强盗”。路雅无法证明自己的清白，只能独自逃走。秦骜奉命紧紧追击路雅。当虞雯突然出现并威胁秦傲帮助路雅逃跑时，路雅正处于危险之中。秦骜更加恨路雅，发誓要亲自抓路雅。路雅和虞雯同甘共苦，两人团聚了。路雅和虞雯联手设计并找到了与“独臂强盗”保持单线联系的日本特工“思洁”。在寻找线索的过程中，路雅意外地发现唐大明与四姐关系密切。此时，黑屋子的秘密三级密码本再次丢失，黑屋子陷入混乱。秦傲也发现，对唐大明的行为有许多怀疑。所以秦傲主动和路雅交朋友。两人交换了信息，发现嫌疑人都指向了唐大明。正当他们试图一起抓住唐大明的时候，唐大明突然被暗杀了。与此同时，路雅从日本人手中抢走了真正的密码本。听说唐大明死了，路雅怀疑秦傲。这时，一直被认为是牺牲者的李突然出现了。他神秘的行踪使情况更加复杂。事实上，真正的独臂强盗是秦傲。李从九死一生中突然出现。在巨大的精神刺激下，秦骜向李承认了的一切事实，显示了他弃暗投明的决心。李相信了秦傲的话。为了让秦傲摆脱疑虑，他将来可以为国家做更多有用的事情。李被指为秦桧的叛徒，被秦桧亲手杀死。李虽死于“独臂匪”之手，但细心的仍能发现秦傲种种可疑迹象，仍怀疑秦傲是真的独臂匪。但是路雅正在努力寻找证据。这时，虞雯突然出了车祸，脑部受到严重打击。他对路雅失去了所有记忆。他只记得自己是秦傲的未婚妻，并回到秦傲的怀里。路雅很痛苦。但事实上，这是虞雯的诡计。她利用自己来实施“美人计”。她成了秦傲的妻子，在日日夜夜相处的条件下，努力寻找证据。经过种种艰难困苦，虞雯终于找到了真正的证据。但后来，她差点被秦傲安插的日本间谍杀死。就在这个紧要关头，秦骜出现了，杀死了日本间谍，释放了虞雯。虞雯逃回黑屋子，从她带回的证据中从日本军队那里找到了关于SQ4的信息。SQ4是一种极具杀伤力的细菌。日本将在重庆分发这种细菌，形成细菌战。路雅分析说，秦骜可能已经抛弃了黑暗，给它带来光明。的确，秦骜长期以来一直是潜伏在日本人周围的间谍。为了保护中国人的安全，秦傲以自己的生命为代价摧毁了所有的SQ4。然而，日本间谍“千手观音”仍然隐藏在黑屋子的上级。为了执行日军疯狂的细菌战计划，“千手观音”毫不犹豫地让自己感染了病毒，使得病毒继续在重庆传播。路雅挺身而出，手持“千手观音”投入火海，保护重庆的安全...在夕阳的天空下，怀孕的虞雯看着燃烧的火焰，泪流满面，看着她的爱人和敌人一起死去。1945年的胜利。在中国，到处都是英雄的眼泪和无尽的英雄。